Olkusz jest stacją pośrednią, położoną na 46. kilometrze linii. Znajdują się tutaj 4 toru główne, z których dwa biegną przy dwukrawędziowym, wyspowym peronie. Dawniej jeszcze jeden tor - nr 3 - biegł przy peronie nr 1, jednak peron ten wyłączony jest z eksploatacji i częściowo rozebrany. Uzupełnieniem układu torowego jest kilka torów bocznych, w tym tory prowadzące do placu ładunkowego i rampy, a także na bocznicę składów metalowych. Ruch pociągów prowadzony jest przez nastawnie "Oz" i "Oz1", które posiadają urządzenia mechaniczne scentralizowane z sygnalizacją świetlną. Nastawnia dysponująca obsługuje również rogatki na przejeździe kolejowym.

Wzdłuż całej stacji w latach siedemdziesiątych poprowadzona została szerokotorowa linia LHS - a z uwagi na fakt, że Olkusz jest jednym z większych ośrodków miejskich na linii, zbudowano wspomniany peron nr 1. Pomimo iż linia LHS posiada wybitnie towarowy charakter, jeszcze w latach dziewięćdziesiątych peron ten był wykorzystywany przez pociągi szerokotorowe. Dziś po linii kursują wyłącznie składy towarowe, mijające stację normalnotorową bez zatrzymania.